Creada en 1927 durante el primer gobierno de don Carlos Ibañez del Campo, quien llevó a la práctica una nueva división político administrativa del país con el fin de responder a las necesidades de sectores que adquirían importancia paulatinamente. El 30 de Diciembre de 1927 el Presidente de la República firma el Decreto Supremo N° 8583, creándose con ese acto la comuna de Fresia, territorio que hasta esa fecha dependía de Maullín.
El 13 de Febrero de 1928, firma otro Decreto que lleva el N°780, mediante el cual se nombra a la primera Junta de Vecinos o Junta de Alcaldes, recayendo la nominación en los vecinos Sres. Teodoro Schafer, Nicolás Añazco y Juan Schnettler. Esta Junta se constituye el día 26 del mismo mes, en una ceremonia presidida por el Intendente de Chiloé don Emilio Günther. La municipalidad funcionó desde ese entonces en el sector de las Beatas, distante un kilometro de su actual emplazamiento hasta que se trasladara al lugar que ocupa actualmente en el centro de la ciudad.
El primer Alcalde elegido democráticamente por votación popular, fue don Teodoro Schafer en el año 1935. Actualmente, desempeña el cargo de Alcalde don José Miguel Cárdenas Barría, en su gestión edilicia es acompañado por los Concejales Sres. Carlos Alarcón Alarcón, Marcelo Barrientos Barrientos, Sra. Yoanna Ovando Nopai, César Marcial Muñoz Nieto, Sra. Marcela Jeannette Miranda Huenulef y Claudio René Sanhueza Reyes.
La alta ruralidad de nuestra comuna, ha determinado que la agricultura, la ganadería y la explotación forestal le den un sello característico. En la actualidad se buscan nuevas alternativas que permitan sacar provecho de esta ruralidad, reorientando acciones educativas y productivas a favor de un creciente interés por la educación técnico profesional y el fomento del turismo ecológico y el agroturismo.